鱼苗对于成鱼来说，个体小，体质弱，抗病差，容易在运送过程中伤亡。要想确保鱼苗安全运输，必须把握以下要点：
一是要制定详尽的运鱼计划。在鱼苗运输前，尤其是长距离运输，事先要制定详尽的运输计划，包括运输容器、交通工具、人员组织以及中途换水等事项，若是托运，还需算好运抵时间，以便通知接货人准时接货。二是要选择适宜的运鱼用水。运输鱼苗的用水，必须是无污染、水质清新的河水、池水或水库水，如采用自来水，可适当除氯后再使用。运输中的水温与原水体中的水温温差不可超过1℃。在运输中要随时注意气温变化，作适当的升温或降温准备。三是鱼苗要适时停食并拉网锻炼。对要起运的鱼苗，要求选择体质健壮、无病无伤的鱼苗，严格用筛子筛好鱼种，剔除野杂鱼，保证规格一致。提前1～3天养在新水中，在装运前两天停止喂食，使其体内的粪便排净，以免进入运输容器中污染水质。另外，混养的鱼苗此时要分开饲养，以方便装运。有条件的地方最好运输前一天进行拉网密集锻炼，加快鱼苗粪便的排泄和增强鱼苗的抗应激能力，为运输创造更有利的条件。四是要选好合适的运输方法。短距离运输适用于运输时间在2小时以内鱼苗运输，可以用塑料桶、塑料袋等器物运输。而长距离运输一般运输时间在10小时左右或更长时间，可使用塑料袋充氧运输或活鱼运输车运输。前者运量少，简单方便；后者运量多，成活率高，比较常用。
鱼苗在低温时吃食少，耗氧低，且温度越低，水中溶氧越多。因此，在温度低时运输鱼苗成活率高。同时，水温愈低，鱼苗活动愈弱，在捕捞、装运时受伤机率小。实践证明水温在15～20℃时运输鱼苗最好。如必须在冬季运鱼苗，一定要注意保暖，水温过低，会使鱼苗冻伤。若在夏季运输，可在塑料袋外加冰块降温。最好避开高温季节晴天光照强烈的中午、阴雨天气和凌晨等易出现严重缺氧浮头的时段运输。
鱼苗运输的密度应与当时当地的气候情况、水温、运输时间及鱼苗的品种、规格等因素结合起来考虑。利用塑料袋充氧运输时，塑料鱼苗袋规格可以为70厘米×40厘米，水温在20～25℃，每袋可装运鱼苗8～10万尾，夏花1200～1500尾；或装运5～7厘米长的鱼种600～800尾，7～8厘米的鱼种300～500尾，可保证在24小时内成活率达90%左右
一是装鱼技巧：用塑料袋装鱼苗要求动作轻快，讲求方法，最好能够降低对鱼苗的伤害。通常要注意以下几个环节：（1）选袋。选取70厘米×40厘米或90厘米×50厘米的塑料袋，检查是不是漏气。将袋口敞开，由上往下一甩，并迅速捏紧袋口，使空气留在袋中呈鼓胀状态，然后用另一只手压袋，看有无漏气的地方。也可以充气后将袋浸没水中，看有无气泡冒出。（2）注水。注水要适中，一般每袋注水1/4～1/3左右，以塑料袋躺放时，鱼苗能自由游动为好。注水时，可在装水塑料袋外再套一只塑料袋，以防万一。（3）放鱼。按计算好的装鱼量，将鱼苗轻快地装入袋中，鱼苗宜带水一批批地装入。（4）充氧。把塑料袋压瘪，排尽其中的空气，然后缓慢装入氧气，至塑料袋鼓起略有弹性为宜。（5）扎口。扎口要紧，防止水与氧气外流，一般先扎内袋口，再扎外袋口。（6）装箱。扎紧袋口后，把袋子装入纸质箱或泡沫箱中，也可将塑料袋装入编织袋后放入箱中，置于阴凉处，防止曝晒和雨淋。二是防病技巧：可在每只运鱼袋中放入食盐2～3克，有较好的防病效果。三是换水技巧：长途运输时，在途中要经常观察鱼的动态，调整充气量，一般每5～8小时换水一次，操作细致，先排老水约三分之一后加新水，发现鱼一旦缺氧及时充氧。若运输中塑料袋内鱼类排泄物过多，需要换水，最好在运输中带足氧气，将氧气和水一起换掉。
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